El creciente consumo de drogas entre los jóvenes, motivó en 1969 a un grupo de comunicadoras, encabezadas por Kena Moreno, a fundar un centro de atención para jóvenes drogadictos.
12 de marzo de 1970: abrió sus puertas el denominado Centro de Trabajo Juvenil en Coyoacán; en él se iniciaron las labores de prevención y tratamiento de la farmacodependencia.
12 de octubre de 1973: se constituye Centros de Integración Juvenil, A.C., bajo el gobierno de una Asamblea General de Asociados y el primer Patronato Nacional integrado por
las fundadoras y miembros de diversos sectores.
1973-1976: se abrieron nueve unidades operativas en el Área Metropolitana y veinte en el interior del país.
13 de diciembre de 1977: se inauguraron las Oficinas Centrales y el primer Centro de Información e Intercambio.
1976-1979: se impulsó la coordinación nacional y binacional, celebrándose reuniones con instituciones y representantes del gobierno de Estados Unidos para intercambiar información científica y teórico-práctica.
A partir de 1978: se estableció el Servicio de Orientación e Información Telefónica, que desde 1980 brinda un servicio de 24 horas, los 365 días del año.
1979: la institución fue invitada por la División de Estupefacientes de la ONU para presentar en Viena, Austria, el Modelo de Atención de CIJ.
1981: la estructura organizativa de CIJ quedó definida por el Patronato Nacional como máximo órgano de gobierno y la Comisión de Vigilancia encargada de supervisar que los programas aprobados cumplan con las políticas y los lineamientos establecidos.
3 de septiembre de 1982: mediante Decreto Presidencial, CIJ fue incluido dentro de los organismos sectorizados de la Secretaría de Salud, con el carácter de institución de participación estatal mayoritaria y se integraron al Patronato Nacional representantes de la Asociación Civil y de los Patronatos Locales, así como de las Secretarías de Salud, Gobernación, Programación y Presupuesto, Contraloría General de la Federación, Trabajo y Previsión Social, Educación Pública y Desarrollo Social.
1984: se agregaron al Patronato Nacional representantes de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y del Departamento del Distrito Federal; se instaura la Contraloría Interna y se inauguran las oficinas de Mier y Pesado 141.
1985: se estableció la Capacidad Operativa Instalada (COI) en todas las unidades operativas.
1988: se realizó el primer estudio Riesgos Macrosociales de la Farmacodependencia a Nivel Municipal y Red Estratégica de Atención en México, que permitió establecer el Plan Rector Institucional a Mediano Plazo 1989-1994.
1993: el secretario de Salud, Dr. Jesús Kumate, inaugura las oficinas de Tlaxcala 208.
1994: en su XXV aniversario, la institución convocó a expertos de varios países a una reunión internacional de intercambio de experiencias, a cuya clausura asistió la señora Diana Laura Riojas de Colosio.
1995: se llevó a cabo en 54 municipios y delegaciones que contaban con unidades operativas, el Estudio Básico de la Comunidad Objetivo (EBCO), para identificar los principales factores sociocomunitarios y psicosociales que permitiesen trazar un diagnóstico y un pronóstico sobre el consumo de drogas.
1997: se elaboró el segundo estudio Riesgos Macrosociales de Farmacodependencia a Nivel Municipal y Red Estratégica de Atención en México, asimismo, se elaboró el libro Farmacoterapia de los Síndromes de Intoxicación y Abstinencia por Psicotrópicos, con el fin de constituir una Red Nacional de Atención Integral al Paciente Farmacodependiente y su Familia.
1998: se firmó un convenio con el Programa de Naciones Unidas para la Fiscalización Internacional de Drogas (PNUFID), para apoyar un proyecto de capacitación en 6 países de Centroamérica.
Marzo de 2001: el Patronato Nacional nombró Director General de CIJ al Dr. Víctor Manuel Guisa Cruz.
En ese mismo año, a solicitud del Consejo Nacional Contra las Adicciones, la institución comenzó a incorporar contenidos acerca de tabaco y alcohol en sus proyectos de prevención y, en el mismo contexto, se firmó un convenio con el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias para instalar clínicas de tabaquismo en todo el país.
Actualmente, CIJ cuenta con 79 Unidades Operativas: 71 Centros Regionales; 4 Unidades de Tratamiento en Consulta Externa y 3 Unidades de Internamiento en: Tijuana, B.C., Zapopan, Jal., Monterrey, N.L., y una Clínica de Metadona en Ciudad Juárez. Además, 4 edificios de oficinas normativas y administrativas.
Para su operación, se cuenta con una plantilla de mil 200 trabajadores, en su mayoría profesionales de la salud mental, apoyados por más de 11 mil voluntarios, lo que permite atender anualmente a casi 2 millones y medio de personas en programas preventivos y de sensibilización, así como, en tratamiento, a más de 70 mil pacientes y sus familiares.
La mayoría de las unidades operativas cuentan con un Patronato que apoya en la promoción de los servicios, la obtención de recursos humanos, materiales y financieros. Se han desarrollado diferentes líneas de investigación: clínica, epidemiológica, psicosocial y de evaluación cualitativa.
El Centro de Información y Documentación cuenta con un acervo bibliográfico de casi 8 mil volúmenes; acervo documental de alrededor de 45 mil artículos científicos; acervo de prensa con más de 11 mil 500 notas periodísticas; acervo hemerográfico con 200 títulos.
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